병원계의 ‘공식적 비자금’으로 통하는 고유목적사업준비금에 대한 세제 혜택이 오는 2028년 12월까지 연장됐다.

당초 기획재정부가 불요불급한 비과세 감면을 대폭 정비한다는 입장을 밝히며 일몰제 종료를 앞둔 병원계가 긴장했지만 다행히 이번에도 연장이 결정됐다.

병원계에 따르면 비영리법인 등이 운영하는 병원의 고유목적사업준비금 손금산입특례 적용기한이 오는 2028년 12월 31까지로 3년 연장됐다.

고유목적사업준비금은 비영리법인이 향후 목적사업에 사용하기 위한 재원을 미리 손금으로 계상해 과세대상이 되는 수익사업 소득을 감소시켜 주는 제도다.

즉, 의료법인 등이 의료장비 구매, 시설 개‧보수 등 병원 운영을 위해 잉여금을 쌓아둘 수 있도록 하고, 그에 대해서는 법인세를 감면해 주는 일종의 혜택이다.

의료시설 확충과 연구투자 활성화, 의료서비스 질 향상, 지역별 의료불균형 개선, 양질의 일자리 유지 등 선순환 구조를 만들기 위해 도입됐다.

학교법인, 사회복지법인, 의료법인, 국립대병원, 지방의료원 등에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 특례는 3년 주기 일몰제로, 지난해 12월 31일 만료 예정이었다.

그동안 수 차례 연장을 거듭했던 만큼 이번에도 무난한 연장을 예상했지만 주무부처인 기획재정부가 일몰이 도래하는 조세지출에 대한 대대적인 정비를 선언하면서 병원계를 긴장케 했다.

실제 이형일 기획재정부 제1차관은 지난 7월 세제개편안 브리핑에서 “목적을 달성한 비과세 감면을 정비해 5년간 약 4조6천억원 규모의 세수를 확보하겠다”고 밝혔다.

이어 “앞으로 일몰이 도래하는 조세지출에 대해 효과성, 형평성을 고려해 과감히 정비해 나가겠다”고 덧붙였다.

병원계는 대한병원협회를 중심으로 바쁘게 움직였다. 기획재정부와 보건복지부 등 관계부처에 조세특례제한법 개정을 위한 건의서를 제출하며 일몰연장 작업에 착수했다.

보건복지부는 병원계 의견을 수렴해 조세지출 평가서를 기재부에 제출, 고유목적사업준비금 특례 유지에 힘을 실었다.

다행히 기획재정부도 이에 동의하며 조세특례제한법 개정안이 마련됐고, 지난해 연말 국회 본회의를 통과하며 고유목적사업준비금 세제 혜택은 3년 연장됐다.

다만 병원계가 주장한 의료법인과 다른 법인들과의 동일한 특례 적용은 받아들여지지 않았다.

현행 규정상 학교법인, 사회복지법인, 국립대병원 등은 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금 손금산입이 가능하지만 의료법인은 50%로 제한하고 있다.

한편, 국민의힘 이인선 의원은 지난해 공익법인의 고유목적사업준비금 세제 특례를 5년 더 연장하는 내용의 조세특례제한법 개정안을 발의했다.

이 의원은 “제도 일몰에 따라 공익법인의 사업 수행이 어려워질 우려가 있는만큼 일몰기한을 2030년 12월 31일로 5년 더 연장해야 한다”고 발의 배경을 설명했다.