대학병원 부지 '재산세' 부과…지자체 '패(敗)'
의료용 토지에 고율…법원 "서울시·중구·노원구·경기도 등 1억2600만원 환급"
2025.06.18 05:58 댓글쓰기

지자체가 대학병원에 잘못 부과한 재산세를 돌려줘야 한다는 법원 판결이 나왔다. 병원이 의료업에 사용하는 토지에 과도한 세금을 매긴 것은 위법하며, 처분 자체가 무효라는 이유다.


서울중앙지법(판사 이승연)은 지난달 27일 A학교법인이 서울시와 중구·노원구, 경기도, 고양시를 상대로 낸 부당이득금 반환 소송에서 원고 승소 판결을 내리고, 각 지자체가 잘못 부과한 재산세 및 지방교육세 상당액을 환급하라고 판결했다.


이에 따라 서울시는 4736만원, 서울 중구 1439만원, 서울 노원구 1944만원, 경기도 746만원, 고양시 3730만원을 각각 지급해야 한다.


소송 발단은 A법인 산하 B병원·C병원·D병원이 보유한 서울과 경기도 소재 병원 토지에 대해 2016년과 2017년 귀속 재산세 및 지방교육세가 과다 부과된 데 있었다. 


지방자치단체들은 이들 토지를 지방세법상 '별도합산과세대상'으로 분류하고, 감면 규정을 적용하더라도 세액의 50%만 감경하는 방식으로 세금을 산정했다. 


그러나 A법인 측은 해당 토지가 의료업에 직접 사용되는 부동산으로서 낮은 세율이 적용되는 '분리과세대상'인데도 과세당국이 이를 잘못 해석해 과세표준과 세율을 과도하게 적용했다고 주장했다.


이에 법원은 A법인의 주장을 받아들여 지자체의 과세 처분은 중대한 하자가 있는 만큼 무효이며, 초과 납부된 세금은 돌려줘야 한다고 판결했다.


이번 사건에서 문제가 된 것은 의과대학 부속병원이 직접 사용하는 토지에 대한 재산세 과세 방식이다. 


구(舊) 지방세법 제106조는 토지를 성격에 따라 세 가지로 나눠 과세하는데, 일반적인 토지는 종합합산과세대상, 공장용 건물 부지나 차고용 토지 등은 별도합산과세대상, 공장용지나 과수원 등은 분리과세대상으로 분류된다.


법령상 병원 부지는 이 중 어디에도 명시돼 있지 않지만, 별도의 법률인 구 지방세특례제한법에서는 의료업에 사용하는 토지에 대해 재산세를 2016년까지는 재산세 75%, 2017~2018년은 50% 경감하도록 규정하고 있다.


재판부는 이처럼 다른 법령에서 세금 감면 대상으로 정한 토지는 지방세법상 명시가 없어도 분리과세 대상으로 봐야 한다는 입장이다.


그런데도 서울시와 고양시 등은 해당 부지를 별도합산과세 대상으로 잘못 판단해 더 높은 세율을 적용했고, 이에 따라 과세표준과 세액 모두 과도하게 부과됐다는 것이 재판부의 판단이다.


재판부는 "이번에 쟁점이 된 토지는 구 지방세법에 따라 재산세 분리과세대상"이라며 "그럼에도 지자체들은 해당 토지가 별도합산과세대상이라고 전제해 재산세 및 지방교육세를 산정한 것은 중대하고 명백한 하자가 존재해 무효"라고 밝혔다.


이어 "과세관청이 그동안 다른 법령에서 재산세가 경감된 토지를 분리과세대상으로 구분하지 않았고, 관련 법령 해석에 대한 법원 판단이 없었다고 하더라도 이는 명확한 규정을 합리적 근거 없이 잘못 해석한 것에 불과하다"며 지자체의 책임을 지적했다.



댓글 0
답변 글쓰기
0 / 2000
메디라이프 + More
e-談