감사원은 보험재정 특감시 복지부의 수가인상율 축소의혹을 은폐했다는 경실련의 의혹제기에 대해 "수가 인상부분에 대해 철저한 감사를 했으며, 관련 문제점을 지적하지 않았다는 점은 사실과 다르다"고 반박했다.

감사원은 13일 "작년 4월 차흥봉 전 장관이 의료계와 5%의 진료수가 인상에 합의하고도 6% 인상하도록 지시해 487억원을 부당하게 인상하고, 같은 해 7월 병원·약국의 손실을 보상하면서 통계지료 등을 부정확하게 인용하거나 중복 인정해 6,000억원 상당의 수가를 인상한 문제점을 지적했다"고 주장했다.

또한 "작년 9월 의료수가를 6% 인상하고도 주사제 원외처방 가산(50%), 야간투약조제료 가산(30%) 등으로 1,944억원을 추가로 인상한 것 등을 포함한 모든 부당사항을 지적해 감사결과로서 복지부에 통보한다 있다"고 밝혔다.