유전체 분석 기업 마크로젠이 올해 3분기 누적 기준으로 흑자 전환에 성공했다. 국가 주도 유전체 데이터 사업 물량이 반영되고 국내 차세대염기서열분석(NGS) 수요가 꾸준히 확대되면서 손익 구조가 개선된 것으로 분석된다.

특히 올해 초 이뤄진 경영 체제 변화와 신사업 확장 기조도 긍정적인 흐름을 가져왔다는 평가가 나온다.

20일 금융감독원에 따르면 마크로젠 금년 3분기 누적 별도기준 매출은 773억원으로 전년 대비 8.1% 증가했다. 영업이익은 22억원으로 전년 –18억원에서 흑자로 전환했고 순이익도 40억원을 기록했다.

이번 흑자 전환은 최근 3년간 이어진 손익 악화 흐름을 멈춘 첫 반등이라는 점에서 의미가 있다.

별도 기준 영업이익은 2022년 46억원, 2023년 14억원, 2024년 –36억원으로 내림세를 보였고, 연결 기준 역시 2022년 52억원에서 2024년 –64억원까지 하락했다.

올해 3분기 누적 실적은 이러한 구조적 하락을 제어한 첫 번째 신호로 풀이된다.

실적 개선의 가장 큰 요인은 국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업이다.

마크로젠은 전장유전체(WGS) 14만5952건, 전사체(mRNA) 2800건을 생산·분석하는 역할을 맡고 있으며, 3분기부터 대량 생산 물량이 본격 반영돼 매출 증가로 이어졌다.

NGS 내수 기반도 확대됐다. 3분기 누적 NGS 사업 매출은 402억원이며 국내 비중은 61.55%로 전년 58.08% 대비 상승했다. 싱글셀, 공간전사체, 멀티오믹스 등 고부가 분석 수요가 병원·연구기관을 중심으로 늘어난 영향으로 해석된다.

경영 체제 변화 역시 회사 방향 전환과 맞물린다. 지난 4월 주주총회에서 창업주 서정선 회장은 약 20년 만에 사내이사 및 각자대표로 복귀하며 기존 전문경영인 체제에서 창업자 책임경영 체제로 무게가 옮겨갔다.

같은 시기 마크로젠은 디지털 헬스케어, 지식재산 기반 컨설팅, 소프트웨어 개발 등 신사업을 사업목적에 추가하며 포트폴리오 확장을 추진했다.

다만 비용 구조에 대한 부담은 여전히 개선 과제로 지적된다.

NGS 서비스 관련 시약 단가는 3분기 말 기준 5877원으로 전년 말 대비 약 36% 상승했다. 회사는 분석 장비 가동률 증가로 고정비가 분산돼 원가 부담을 일부 상쇄했다고 설명했지만 향후 단가 변동성은 리스크로 남을 전망이다.

회사 관계자는 “이번 흑자 전환은 국가 사업 수행 역량 및 대규모 분석 인프라, 고부가가치 NGS 기술 경쟁력이 결합해 만들어낸 의미 있는 성과”라며 “정밀의료·AI 기반 분석 수요 확대에 대응해 기술력과 서비스 포트폴리오를 더욱 강화해서 견조한 성장 흐름을 이어가겠다”고 밝혔다.