개인병·의원도 손실보상금 소득세 폭탄 '면제'
政, 법인병원 이어 전체 의료기관 '수익' 미산정 방침…과세 부담 덜어
2022.10.14 05:43 댓글쓰기



의료법인은 물론 개인 병의원들이 받은 코로나19 손실보상금 역시 ‘수익’에 해당하지 않는다는 추가 행정해석이 나왔다.


지금까지 지급된 의료기관 코로나19 누적 손실보상액이 7조원에 달하는 점을 감안하면 해당 의료기관들 세금 부담이 크게 줄어들 전망이다.


기획재정부는 최근 의료업을 영위하는 사업자(개인병원)가 지급받은 코로나19 관련 손실보상금은 소득세법상 ‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하지 않는다는 행정해석을 내놨다.


아울러 손실보상금을 통해 보전받은 직접경비 역시 사업소득 필요경비에 산입되지 않는다고 밝혔다.


지난 3년 간 코로나19 최전선에서 의료 업무를 수행한 병원들이 막대한 손실을 입었고, 이에 대한 보상기전으로 지급된 보상금인 만큼 과세 대상으로 보기 어렵다는 판단이다.


이번 행정해석은 앞서 의료법인·학교법인·사회복지법인·재단법인 등 비영리법인의 코로나19 손실보상금에 대한 법인세 면제 방침의 후속 조치다.


기재부는 지난 달 의료법인이 감염병관리기관 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 ‘소득’에 해당하지 않는다는 해석을 내놨다.


다만 정부나 지자체의 방역 대응 과정에서 발생한 코로나19 환자 전담병원 등과 폐쇄·업무정지·소독 조치 대상기관 중 손실보상금을 지원 받은 비영리법인기관에 국한시켰다.


하지만 개인병원들 역시 전담병원 등 코로나19 관련 업무에 적극 참여했음에도 비영리법인에 대해서만 세제 혜택을 부여하는 것은 형평성에 위배된다는 지적이 제기됐다.


이에 기재부는 한 달 여 만에 비영리법인이 운영하는 병원은 물론 의료업을 운영하는 모든 병‧의원의 손실보상금에 대해 과세 대상인 ‘수익’으로 산정하지 않기로 했다.


한편, 2020년 코로나19 사태 이후 확진자를 치료한 전담병원들은 일반환자 감소, 의료인력 이탈 등으로 상당한 재정난을 겪었다.


특히 전담병원은 ‘코로나 환자들만 가는 곳’이라는 인식이 강해져 전담병원 해제 이후 일상적인 환자 확보에 어려움을 겪어야 했고, 이는 재정난으로 이어졌다.


이에 따라 정부는 의료기관들에 대해 손실보상금을 지급했다. 특히 전담병원의 경우 직접적인 진료수입 감소분은 물론 해제 이후 최장 6개월의 회복기간 동안 보상금을 지원했다.


특히 코로나19 환자 치료 의료기관의 신속한 손실보상을 위해 2020년 4월부터 매월 개산급(손실이 최종 확정되기 전 잠정 산정한 손실액을 일부 지급) 형태로 보상금을 지급했다.


감염병전담병원, 선별진료소 운영병원, 정부나 지자체의 폐쇄·업무정지·소독 명령을 이행한 의료기관, 약국, 일반영업장 등이 보상금 지급 대상이었다.


코로나19 이후 2022년 2분기까지 의료기관에 지급된 손실보상금은 총 7조140억원에 달한다.


코로나19 환자치료 의료기관 6조8083억원, 폐쇄·업무정지 등 조치된 의료기관과 약국, 일반영업장 2057억원 등이다.



댓글 3
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  • 김순필 10.19 13:27
    좋은 뉴스 감사합니다

    해당 근거서류를 받을 수 있을까요?
  • 박대진 10.14 12:25
    좋은 지적 감사합니다. 용어에 혼선이 있었습니다. 앞으로도 많은 관심 부탁드립니다.
  • 지나가다가.. 10.14 11:23
    개인 병의원은 개인이니까 법인세가 아니라 소득세가 맞습니다..ㅎㅎ
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